Дляначала я сделал тестовый перк с Ability и наиболее интересными EntryPoint’ами, тестовое оружие и тестовую мишень.
Специально при первом тесте не стал брать стандартные перки, абилки и оружие во избежание “незаметного влияния” других факторов.

TestPerk01:
EntryPoint          [CalculateGunSpread][MultipleValue]== 0.00
EntryPoint           [CalculateWeaponDamage][SetValue]== 10000.00
EntryPoint     [ModidyDamageThreshold Attacker]     [AddValue]== 25000.00
EntryPoint     [ModidyDamageThreshold Defender]      [AddValue]== 25000.00
EntryPoint           [ModidyAttackSpeed][MultipleValue]== 5.00
EntryPoint           [EquipSpeed][MultipleValue]== 5.00
EntryPoint           [HasImprovedDetection][SetValue]== 1.00
Ability            [TestAbility01]

TestAbility01:
[RestoreHealth]== 5

TestWeapon01:
Damage:         2500
FireRate:         1
MinSpread:      0.00
#Projectiles:    1

TestWeapon02
Damage:          2500
FireRate:          1
MinSpread:       0.00
#Projectiles:     10

TestTarget01
Health:             50000
DT:                   15000

Сделал для ГГ спецберетку, чтобы надевая/снимая ее, быстро и удобно добавлять/убирать тестовый перк (не стандартный во избежание конфликтов) в любой момент игры не залезая в консоль, которая как оказалось весьма глючная падла…

SCN TestBertka01Script
Short XXX     [я решил не спрашивать “HasPerk или не Has?” а пойти более простым путем]
Begin GameMode
if ( XXX == 0 )
if ( Player.GetEquipped TestBeretka01 > 0 )
if ( Player.IsWeaponOut > 0 )
Player.AddPerk CalmHeartPerk 1
Set XXX to 1
Endif
Endif
Endif
END
Begin GameMode
if ( XXX == 1 )
if ( Player.GetEquipped TestBeretka01 < 1 )
Player.RemovePerk TestPerk01 1
Set XXX to 0
Endif
Endif
END
Begin GameMode
if ( XXX == 1 )
if ( Player.IsWeaponOut < 1 )
Player.RemovePerk TestPerk01 1
Set XXX to 0
Endif
Endif
END

Затемдобавил в стандартные скрипты Буна и Кэсс фрагменты, которые визуально (и как оказалось полностью достоверно) показывают наличие добавляемой перком Ability по принципу “есть абилка – надета шляпа”.

scn BooneSCRIPT (фрагмент)
.........................
BEGIN GameMode
if ( IsSpellTarget TestAbility01 > 0 )
if ( GetEquipped HatNCR1stReconBeret < 1 )
EquipItem HatNCR1stReconBeret 1
Endif
Endif
END
Begin GameMode
if ( IsSpellTarget TestAbility < 1 )
if ( GetEquipped HatNCR1stReconBeret > 0 )
UnEquipItem HatNCR1stReconBeret 1
Endif
Endif
END
…………………….

scn RoseofSharonCassidyScript (фрагмент)
.........................
Begin GameMode
if ( IsSpellTarget TestAbility01 > 0 )
if ( GetEquipped CassHat < 1 )
EquipItem CassHat 1
Endif
Endif
END
Begin GameMode
if ( IsSpellTarget TestAbility < 1 )
if ( GetEquipped CassHat > 0 )
UnEquipItem CassHat 1
Endif
Endif
END
…………………….

После чего осталось только проверить абилки на работоспособность для пущей достоверности. Наличие EntryPoint пришлось определять по работоспособности чисто экспериментально.

Заставил компаньонов (нанятых и нанятых/уволенных) стрелять по тестовой цели и простым персонажам с добавленным перком и без него, после чего обстрелял самих компаньонов. Повторил все действия после сохранения/загрузки.

Моих компаньонов можно нанимать хоть всех сразу, поэтому я решил взять для теста людей поскольку у того же Рэкса оружейные EntryPoint'ы сложнее тестировать.

Результат теста: [Ab–Ability, EP–EntryPoint, Т1-Бун, Т2-Кэсс]

Взял перк - Нанял Т1, Т2: ----- Ab нет, EP не работают без вариантов.
Нанял Т1 – Взял перк – Убрал перк: ----- Т1 Ab нет, EP нет.
Нанял Т1 – Взял перк – Уволил Т1: ----- Т1 Ab есть, EP нет.
Нанял Т1 – Взял перк – Уволил Т1 – Нанял Т1: ----- Т1 Ab есть, EP есть.
Нанял Т1 – Взял перк – Нанял Т2: ----- Т1 Ab есть, EP есть; Т2 Ab нет, EP нет.
Нанял Т1 – Нанял Т2 – Взял перк: ----- Т1 Ab есть, EP есть; Т2 Ab есть, EP есть.
Нанял Т1 – Нанял Т2 – Взял перк – Уволил Т1 – Убрал перк – Уволил Т2: ----- Т1 Ab есть, EP нет; Т2 Ab нет, EP нет.

Нанял Т1 – Нанял Т2 – Взял перк – Save/Load: ----- Т1 Ab есть, EP нет; Т2 Ab есть, EP нет.
Нанял Т1 – Нанял Т2 – Взял перк – Save/Load – Взял перк: ----- Т1 Ab есть, EP нет; Т2 Ab есть, EP нет.
Нанял Т1 – Нанял Т2 – Взял перк – Save/Load – Убрал перк – Взял перк: ----- Т1 Ab есть, EP есть; Т2 Ab есть, EP есть.

Вывод:
1). Перк срабатывает разово, в момент добавления/удаления. Срабатывает только на персонажах которые на момент добавления/удаления имеет статус Teammate'а. Чтобы перк заработал его нужно добавлять после того, как персонаж станет Teammate’ом.
2). Статус Teammate – обязательное условие для работы EntryPoint’ов. Если уволить компаньона не снимая с ГГперк, то у компаньона останутся и будут работать все Ability,добавленные перком. EntryPoint’ы также останутся но работать не будут.
3). Ability, которые имелись у компаньонов на момент Save/Load сохраняются и полностью работоспособны вне зависимости от того, был ли компаньон на момент Save/Load собственно Teammate’ом. EntryPoint’ы в случае Save/Load удаляются и перестают работатьбез вариантов.

Единственный способ восстановить работу EntryPoint’ов на компаньонах после Save/Load, убрать (обязательно), а затем снова добавить перк.

Так что добавлять/убирать “компаньонские” перки в диалоговых скриптах как-то не вариант – слишком много мест, где это придется делать. Проще и надежнее это делать в собственных скриптах напарников, используя проверку на Teammate’ность.

Стандартные перки работают полностью аналогично тестовым.

Если интересует работоспособность наиболее интересных EntryPoint’ов то:
Calculate Gun Spread –                             работает
Calculate Mine Explode Chance –              работает только на ГГ
Calculate Weapon Damage –                    работает
Equip Speed –                                           работает
Has Improved Detection –                         работает
Has Unarmed XXXXX Attack –                    работает только на ГГ
Modify Attack Speed –                               работает *
Modify Damage Threshold (attacker) –      работает **
Modify Damage Threshold (defender) –     работает **
Reload Speed -                                          работает
* - Изменяет скорость атаки в самом прямом смысле т.е. изменяет время, которое требуется на сам выстрел но не интервал между выстрелами. Чтобы было понятнее, изменяет скорость движения руки/оружия при рукопашном ударе но не интервал между ударами. Имеет смысл использовать только с многозарядным оружием, либо в рукопашной - для ударов "на опережение".
** - DT обретает полную функциональность только при GS-параметре fMinDamMultiplier = 0.0  При стандартном значении fMinDamMultiplier = 0.2 любое оружие наносит минимум 20% от своего номинального урона при каждом попадании даже если броня считается не пробитой.

Теперь по перкам, которые ты хотел проверить:
Перк "Calm Heart" полностью работоспособен. Save/Load'ом не сносится.
Перк "HandOfVengeance" работоспособен до Save/Load'а.
Перк "Old Vaquero" работоспособен до Save/Load'а.
Перк "CauselessRebel" не нашел чтобы где-то добавлялся. Если добавить то работоспособен до Save/Load'а.
Перк "BondsOfSteel "  не нашел чтобы где-то добавлялся. Если добавить то работоспособен до Save/Load'а.

З.Ы.И как я вообще мог на эти чертовы Ability переключиться?  Тем более начать добавлять Ability через перк. Извращение-то какое. Никогда этой фигней не занимался, всегда AddSpell использовал, а тут вдруг… Ведь с EntryPoint’ов начинал – именно они представляют в перках основную и наверное единственную ценность.  А с Ability в итоге вообще все в порядке оказалось…