Происхождение прогрессив-метала можно проследить в таких прогрессив-рок группах 1960-х и 1970-х как Yes, Pink Floyd, King Crimson, Genesis и Rush. Этот стиль сформировался как отдельный, самодостаточный стиль лишь к середине 80-х. Группы Dream Theater, Queensrÿche и Fates Warning взяли элементы прогрессивно-роковых групп – инструментальную и композиционную структуру песен и скрестили её с металом.
Наибольшую популярность прогрессив-метал приобрёл в начале 90-х годов, когда песня группы Queensrÿche «Silent Lucidity» (1990 Empire) ) неожиданно стала хитом на радио и MTV. Нельзя отнести эту песню к «типичной» прогрессив-металической, но именно благодаря ней музыка группы Queensrÿche стала доступна для фанатов и, помимо этого, дала толчок к развитию других прогрессив-метал-групп во всём мире. В 1993 году Dream Theater с песней «Pull Me Under» (из 1992 Images and Words) также приобретает мировую популярность.

Прогрессив-метал можно разбить на бесчисленное множество подстилей, соответствующих другим направлениям музыки, которые оказали влияние на конкретные музыкальные коллективы. К примеру, две группы, которые вполне можно отнести к обсуждаемому жанру, - King’s X и Opeth, находятся на противоположных концах звукового спектра. King’s X более подвержены влиянию мэйнстрима и гранжа (grunge). Парадоксально, но бас-гитарист группы Pearl Jam, Джефф Амент однажды сказал: «King’s X изобрели гранж как стиль», имея в виду то, что влияние этой группы на весь гранж было очень велико. И в то же время гроулинг вокалиста группы Opeth и тяжёлый звук гитар (частично разбавленный готическими акустическими пассажами) вполне можно отнести к стилю дэт-метал.
Европейская классическая музыка также оказала весьма значительное влияние на весь жанр прогрессив-метала. Такие группы, как Symphony X и Spock’s Beard успешно смешивают этот стиль с той сложностью и великолепием, что присуща классическим произведениям. Кроме того, такие проекты, как Liquid Tension Experiment (создан участниками группы Dream Theater) и группы, как Planet X, имеют в своём творчестве джазовое влияние с длинными сольными секциями. Более того, Liquid Tension Experiment представляют в своей музыке элементы импровизации, которые довольно редко встречаются в хеви-метале. Другая группа, Cynic, в своих альбомах скрестила прогрессив-метал, дэт-метал и джаз/фьюжн в своей работе Focus.
Во всем разнообразии прогрессивных команд, группа Tool является самой популярной в своей нише. Tool приобрели известность в середине 90-х годов, выпустив свой второй по счёту альбом Ænima, который и принёс им мировую известность. Их электрический коктейль из хеви-метала, случайных музыкальных размеров, комплексных структур и сложной лирики, натолкнули многих на мысль о классификации их как прогрессив-метал группы, хотя и с существенными отличиями от многих традиционных команд. Тем не менее, следующий альбом группы Tool 2001 года Lateralus упрочил положение группы на прогрессивной сцене с их комплексными структурами и высоко концептуальным стилем, несмотря на то, что группа стала более родственной к индустриальной музыке, нежели к прогрессивной.
В России также имеются исполнители прогрессив-метала, например, московская группа Mechanical Poet, ярославская группа Tumulus (синтез прогрессива с фолком). На просторах украинского андерграунда удачно смешались прогрессив и альтернатива в лице групп ODIN, Гефсиманский сад, Нержавеющая сталь, Dreams of Victory и Laplandia.
Прогрессив-метал иногда называют «метал будущего», по причине того, что он довольно сложен для восприятия неподготовленному слушателю. Этот стиль также является прекрасным средством для восприятия научно-фантастических тем и всего с ними схожего.