Я поставил-таки Эндерал и обнаружил, что там вместо (логичного) Enderal.esm правленый Skyrim.esm со всеми (вроде бы) исходными записями плюс, конечно, новыми.
Crunatus, чо? Конкретно на скриншоте с конфликтом показывается, что из мастера, модов A и B у мода B оригинальное значение одного из параметров, и поэтому FO4Edit цветовой маркировкой даёт значению соответствующий цвет. Тонкости наследования мастер-файлов вообще этого дела не касаются.