Изменю комментарий. Но оставлю его на случай если кто-то столкнется в похожей проблемой. Решилось все перемещением LCF.erf файла данного мода из папки Data в Override вместе с файлом конфликтовавшего мода. Теперь есть сапоги и нет конфликта.
 ""Доброго времени суток. Вопрос к моду относится лишь частично, но т.к под модом Origin Fix автор так и не ответил, поинтересуюсь у вас, как разрешить проблему.
 В данном моде имеются "Одеяния загонщика нагов", в которых, мод Origin Fix, помимо прочих персонажей, переодевает персонажа Горима в прологе знатоного гнома а так же Огрина в эпилоге. Так вот, если ваш мод установлен как полагается, то сапоги не имеют модели, ноги невидимые. Но, если файл LCF.erf из папки Data перекинуть в Override то сапоги появляются, но, в таком случае этот мод начинает, заменять своими моделями, пару моделей одежды из другого мода.""

Спасибо за ответ. Но я бы с удовольствием почитал как это делается...

Нашелся один конфликт с модом Witch Robes Revised, похоже имена файлов модели и текстур совпадают с Мантией Бездонных Вод(синяя).
-меши ef и hf_rob_arc_0.msh
-текстуры pf_rob_arca_0d, 0n, 0s, 0t - 4 файла

 Начал переигрывать спустя четыре года. Шикарный мод, хорошо подобрано все, но не обошлось без проблем, а может сам не доглядел чего.
- У Аноры отсутствует одежда в период после спасения и до собрания земель, т.е пока находится в поместье Эамона в Денериме.
- В эпилоге Огрен одет в одежды загонщика наг, только вот сапоги отсутствуют, они из какого-то другого мода?
- В Пробуждении, баронесса так же без одежды. Тут все пересмотрел, с какого мода платье Айрис, не указано (надеюсь только что не с RLs Witcher Emporium).