Это не недочет мода, а скорее недостаток движка игры, ситуация прояснена в описании, но недостаточно глубоко, как вы могли заметить.
После выполнения пункта 3 из рубрики "Установка" нужно либо те же изменения проделывать в действующих настройках (Документы/.../FalloutNV/Fallout.ini и FalloutPrefs.ini), либо удалить их и запустить официальный лаунчер игры, который сформирует новые настройки, на основе уже правленного fallout_default.ini, многоядерность (если ваш процессор имеет больше одного ядра) придется подправлять заново, если вы не вносили правки в этот родительский файл заранее; о графике и говорить не приходится, но она правится куда легче, не так ли?

---
Описание установки неточно, просьба исправить это недоразумение. Не каждый устанавливает моды исключительно перед первым запуском игры.